وشغل قوش منصب مدير المخابرات السودانية طوال عقد قبل إعفائه وتعيين ﻋﻄﺎ بديلا له عام 2009.

وكان ينظر إلى قوش باعتباره الرجل القوي في النظام السوداني، لكن جماعات حقوقية غربية تتهمه بلعب دور في انتهاكات بإقليم دارفور.وتعذيب المعتقليين السياسيين .

ويقول الصحافي الأميركي مارك قولدبيرغ الذي يكتب في «نيويورك تايمز» والمتخصص في الشؤون الأفريقية: «يوجد اسم قوش ضمن لائحة قدمت إلى مجلس الأمن تضم 17 شخصا يعتبرون من أهم الشخصيات المتهمة بارتكاب جرائم حرب في إقليم دارفور ويعرقلون السلام في الإقليم». ويقول أيضا إنه «مسؤول عن اعتقالات تعسفية والتضييق والتعذيب وإنكار حق المعتقلين في محاكمات عادلة». ويصف قولدبيرغ قوش بأنه «عقل الحكومة السودانية». وفي عام 2005 أجرت إحدى وكالات الأنباء الغربية حديثا نادرا مع صلاح قوش حيث أقر لأول مرة بأن الحكومة تسلح ميليشيات الجنجويد في دارفور، مشيرا إلى أنهم لن يرتكبوا الخطأ نفسه في شرق السودان. وأقر في تلك المقابلة أن هناك انتهاكات لحقوق الإنسان حدثت في دارفور وأن الذين ارتكبوا تلك الانتهاكات سيقدمون إلى المحاكمة.

وخلال عهده تعزز التعاون بين المخابرات السودانية ونظيرتها الأميركية “سي آي أيه”.

وبعد مغادرته الأجهزة الأمنية، شغل منصب مستشار رئاسي، إلا أنه أقيل من منصبه مطلع عام 2011.

وفي 2013، أفرجت السلطات السودانية عن قوش بموجب عفو رئاسي، بعد اتهامه مع ضباط آخرين بمحاولة انقلاب كان يمكن أن يحكم عليه، لو أدين فيها، بالإعدام.